Terdapat sejumlah 5 sekolah di Kab. Pekalongan Provinsi Jawa Tengah yang masuk ke dalam Top 1000 Sekolah versi LTMPT berdasarkan nilai TPS UTBK tahun 2020. Kategori atau jenis 5 sekolah ini adalah: 3 SMA, 1 MA, 1 SMK.